Из компетенции Министерства сельского хозяйства Пензенской области исключены выдача разрешений на проведение внутрихозяйственных работ, связанных с нарушением почвенного покрова, осуществляемых на землях сельскохозяйственного назначения, и заключение договоров о предоставлении в пользование территорий или акваторий для осуществления пользования животным миром.

В число полномочий Министерства включены разработка и утверждение норм допустимой добычи охотничьих ресурсов, в отношении которых не устанавливается лимит добычи, и норм пропускной способности охотничьих угодий, а также заключение охотхозяйственных соглашений (в том числе организация и проведение аукционов на право заключения таких соглашений, выдача разрешений на добычу охотничьих ресурсов).