Если квартира приобретена на субсидию, такие расходы при последующей ее продаже можно включить в имущественный вычет по НДФЛ
При продаже квартиры, находившейся в собственности налогоплательщика менее 3 лет, он вправе получить вычет по НДФЛ в размере полученной в налоговом периоде от продажи суммы (но не более 1 млн руб).
Вместо использования данного права налогоплательщик может вычесть из налогооблагаемых доходов от продажи квартиры расходы на ее приобретение (при условии их документального подтверждения). По мнению Минфина России, они могут быть произведены за счет полученной субсидии на строительство или приобретение жилья.