Организация на УСН заключила государственный контракт с НДС. Заказчик отказывается заключать контракт без НДС и принимать акт выполненных работ без НДС. При размещении в единой информационной системе акта выполненных работ без НДС автоматически формируется счет-фактура с НДС, в счете-фактуре указывается статус 2. Влечет ли счет-фактура с выделенной суммой НДС обязанность уплатить такой НДС?

По данному вопросу мы придерживаемся следующей позиции:

Да, счет-фактура с выделенной суммой НДС, выставленная при применении УСН влечет обязанность уплатить такой НДС в бюджет и представить Декларацию по НДС. 

Обоснование позиции:

Организации, применяющие УСН, в общем случае не признаются налогоплательщиками НДС (п. 2 ст. 346.11 НК РФ).

Вместе с тем подп. 1 п. 5 ст. 173 НК РФ установлено, что лица, не являющиеся налогоплательщиками НДС, исчисляют сумму НДС, подлежащую уплате в бюджет, в случае выставления ими покупателю счета-фактуры с выделением суммы налога. В таком случае сумма НДС, подлежащая уплате в бюджет, определяется как сумма налога, указанная в соответствующем счете-фактуре, переданном покупателю товаров (работ, услуг).

Данная норма действует в том числе и в отношении компаний, применяющих УСН и работающих по госконтрактам (письма Минфина России от 27.03.2018 N 03-07-11/19048, от 25.12.2015 N 03-11-11/76394).

Таким образом, организация, применяющая УСН, в рассматриваемой ситуации должна начислить к уплате в бюджет сумму НДС, выделенную в выставленном заказчику счете-фактуре.

Отметим, что возможности уменьшения НДС, в том числе на налоговые вычеты, НК РФ в такой ситуации не предусмотрено (письма Минфина России от 29.06.2020 N 03-11-11/55981, от 11.01.2018 N 03-07-14/328, определение ВС РФ от 01.07.2019 N 306-КГ18-22222 по делу N А72-14193/2017).

Обращаем внимание, что заказчик не вправе требовать, чтобы контрагент, применяющий УСН, выставил счет-фактуру, отказываться от подписания документов, подтверждающих принятие товаров, работ и услуг, удерживать НДС, требовать возврата налога или отказаться от исполнения контракта в одностороннем порядке (смотрите письмо ФАС России от 18.06.2019 N ИА/50880/19). Следовательно, выделение в цене контракта НДС не нарушает права и законные интересы контрагента и само по себе не требует внесения изменений в контракт. Если заказчик нарушает права контрагента, связанные с освобождением его от уплаты НДС, последний может рассчитывать на судебную защиту (смотрите постановление АС ЗСО от 16.08.2019 N Ф04-3316/2019 по делу N А03-16525/2018). 

Рекомендуем также ознакомиться с материалами:

• Энциклопедия решений. Учет НДС при определении цены контракта по Закону N 44-ФЗ;
• Энциклопедия решений. Отчетность - 2022. Организации, применяющие УСН;
• Вопрос: Можно ли при исполнении контракта, заключенного в соответствии с Законом N 44-ФЗ, исключить НДС из цены контракта? (ответ службы Правового консалтинга ГАРАНТ, декабрь 2021 г.)
• Позиция КС РФ неизменна: "упрощенец", выставивший счет-фактуру с НДС, обязан уплатить налог в бюджет (Н.В. Никифорова, журнал "НДС: проблемы и решения", N 5, май 2016 г.). 

Ответ подготовил:
Эксперт службы Правового консалтинга ГАРАНТ
Полякова Елизавета 

Ответ прошел контроль качества 

12 апреля 2023 г. 

Материал подготовлен на основе индивидуальной письменной консультации, оказанной в рамках услуги Правовой консалтинг.