Налоговая база по операциям с ценными бумагами определяется при их реализации (погашении) или ином выбытии. Поскольку при получении от управляющего ипотечным покрытием части основного долга по ипотечному сертификату участия происходит его частичное погашение, у организации возникает налоговая база по операциям с ценными бумагами.

При этом доходы будут формироваться исходя из частично погашаемой управляющим ипотечным покрытием стоимости ипотечного сертификата участия, а расходы - исходя из части цены приобретения, определяемой пропорционально погашаемой стоимости. Убыток от операций с ценными бумагами учитывается для целей налогообложения в соответствии с НК РФ.