По депозитарным услугам, оказываемым профессиональным участником рынка ценных бумаг, нужно выставлять счета-фактуры
Плательщик НДС обязан составлять счета-фактуры при осуществлении операций, признаваемых объектом обложения данным налогом, в т. ч. операций, не подлежащих налогообложению.
В НК РФ закреплен перечень операций, при осуществлении которых не составляются счета-фактуры.
В данный список не включены депозитарные услуги, оказываемые профессиональным участником рынка ценных бумаг, осуществляющим депозитарную деятельность.
Поэтому профессиональный участник рынка ценных бумаг, осуществляющий эту деятельность, должен выставлять счета-фактуры по депозитарным услугам, освобождаемым от НДС.