Если осуществляются операции, облагаемые и не облагаемые НДС, должен вестись их раздельный учет
Письмо Минфина РФ от 2 августа 2012 г. № 03-07-11/225 “О вычете НДС”
Плательщик НДС может осуществлять операции, облагаемые и не облагаемые этим налогом. Он обязан вести раздельный учет таких операций для целей раздельного учета сумм НДС, подлежащих и не подлежащих вычету.
Суммы НДС по товарам (работам, услугам), используемым для осуществления операций, как подлежащих обложению, так и освобождаемых от этого, принимаются к вычету. Также они могут учитываться в стоимости приобретаемых товаров (работ, услуг) в определенной пропорции. Последняя определяется исходя из цены отгруженных товаров (работ, услуг), операции по реализации которых облагаются (не облагаются) НДС, в общей стоимости товаров (работ, услуг), отгруженных за налоговый период.
Если в налоговом периоде не отгружаются товары (работы, услуги), операции по реализации которых освобождаются от НДС, раздельный учет налога не ведется. Суммы налога, предъявленные по товарам (работам, услугам), приобретенным в таком налоговом периоде, могут приниматься к вычету. При этом будет учитываться будущая фактическая ситуация с использованием этих товаров (работ, услуг) в операциях, как облагаемых, так и не облагаемых НДС.