При наличии нескольких подразделений в одном муниципальном образовании перечислять НДФЛ можно по месту учета одного из них

Письмо Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина РФ от 22 июня 2012 г. N 03-04-06/3-174 О перечислении НДФЛ, удержанного с доходов работников обособленных подразделений

При наличии у организации нескольких обособленных подразделений в одном муниципальном образовании (городе федерального значения) на территориях, подведомственных разным налоговым органам, она может встать на учет по месту нахождения одного из таких подразделений.

В этом случае НДФЛ с доходов работников всех обособленных подразделений, расположенных в муниципальном образовании (городе федерального значения), можно перечислять в бюджет по месту учета указанного подразделения. При этом, если каждому подразделению присвоен отдельный КПП, платежное поручение на перечисление налога необходимо оформить на каждое подразделение.