С дохода от продажи нежилого помещения, которое непосредственно использовалось в предпринимательстве, нужно уплачивать НДФЛ
От НДФЛ освобождаются доходы, получаемые налоговыми резидентами России при продаже имущества, находившегося в собственности 3 года и более.
Это правило не распространяется на доходы физлиц от продажи имущества, непосредственно используемого индивидуальными предпринимателями в предпринимательской деятельности.
Поэтому доходы от продажи нежилого помещения, которое непосредственно использовалось в указанной деятельности, включаются в налоговую базу по НДФЛ.