НИОКР, выполняемые за счет средств бюджетов, не облагаются НДС

Письмо Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина РФ от 4 апреля 2012 г. N 03-07-07/42 О применении НДС при выполнении в 2012 г. бюджетным учреждением научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ в рамках государственного задания за счет субсидий из федерального бюджета

НИОКР, выполняемые за счет средств бюджетов, освобождаются от обложения НДС.

По мнению Минфина России, основанием для применения такого освобождения могут являться договор на выполнение работ с указанием источника финансирования, письменное уведомление (справка) заказчика, которому выделены средства непосредственно из соответствующего бюджета, в адрес исполнителей о выделенных средствах для оплаты указанных работ.