Если оплата производится за счет средств, полученных из федерального бюджета в качестве взноса в уставный капитал организации, то вычет НДС правомерен

Письмо Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина РФ от 12 января 2012 г. N 03-07-11/05 О вычете НДС при приобретении основных средств и осуществлении затрат по созданию объектов капитального строительства за счет средств бюджетного финансирования

Если товары (работы, услуги) приобретаются на средства федерального бюджета, то НДС оплачивается продавцам за счет указанных ассигнований. В подобном случае суммы налога не следует принимать к вычету (возмещению). Иное приведет к повторному возмещению НДС из федерального бюджета.

Между тем средства, полученные организацией из федерального бюджета в виде взноса в ее уставный капитал, в целях применения НДС не являются ассигнованиями указанного бюджета. Поэтому налог по приобретенным товарам (работам, услугам), оплачиваемым за счет этих средств, принимается к вычету.