Допускается частичный вычет сумм НДС, перечисленных в составе предоплаты

Письмо Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина РФ от 22 ноября 2011 г. N 03-07-11/321 О применении вычета НДС в отношении сумм предварительной оплаты

Общую сумму НДС по операциям, признаваемым объектом обложения, можно уменьшить на налоговые вычеты. В частности, на суммы НДС с перечисленной оплаты (в т. ч. частичной) в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг, передачи имущественных прав).

Вычет НДС по суммам предварительной (частичной) оплаты - право, а не обязанность плательщика.

Таким образом, частичное принятие к вычету сумм НДС, перечисленных в составе предоплаты, не противоречит НК РФ.