НДФЛ с выплат по гражданско-правовым договорам перечисляется в бюджет по месту учета организации-налогового агента
Российская организация, которая производит физлицам выплаты по гражданско-правовым договорам, признается налоговым агентом. Соответственно, она должна рассчитывать, удерживать и перечислять в бюджет НДФЛ.
Если организация имеет обособленное подразделение, НДФЛ перечисляется в бюджет по месту учета такой организации в налоговом органе по месту ее нахождения.