Арбитражные суды могут попасть в сферу мероприятий, проводимых контролирующими органами. Одновременно последние могут представлять в судах публично-правовые образования. Также они на общих основаниях выступают сторонами в арбитражном процессе. Совмещение этих полномочий создает условия для конфликта интересов и постороннего вмешательства в деятельность арбитражных судов.
ВАС РФ сам организует их работу, обеспечивает соблюдение арбитражными судами законов, осуществляет контроль за использованием ими бюджетных средств. Выполняя эти функции, он вправе предложить соответствующему органу поучаствовать в проверках. ВАС РФ может направить ему перечень судов, в отношении которых планирует провести их в предстоящем году. Контрольные мероприятия осуществляются этими органами исключительно в отношении судов, входящих в данный список, и только в сроки и в объемах, определяемых по согласованию с ВАС РФ. Если закон позволяет проводить такие мероприятия вне места нахождения проверяемого на основе представляемых им деклараций и иных документов, контроль осуществляется соответствующим органом на общих основаниях.
В процессе контроля должностные лица уполномоченных органов не вправе препятствовать проведению судебных слушаний, требовать от судей выполнить какие-либо действия или предоставить документы, иным образом вмешиваться в осуществление правосудия. При этом данные органы обязаны уведомлять арбитражный суд, в отношении которого они хотят провести проверку, и ВАС РФ о предполагаемых мероприятиях. Если требуются незамедлительные меры (напр., при угрозе теракта), достаточно уведомить руководство суда и ВАС РФ, указав причины неотложности.