Минфин России в ответ на запрос налогоплательщика пояснил, что любые медицинские услуги, оказываемые на основании лицензии медицинского учреждения или ИП, освобождены от НДС (письмо Департамента налоговой и таможенной политики Минфина России от 25 августа 2016 г. № 03-07-14/49684 "Об освобождении от НДС медицинских услуг по предварительным периодическим медицинским осмотрам физических лиц, оказываемых медицинскими учреждениями, в том числе по договорам с юридическими лицами"). 

В запросе к финансовому ведомству медицинское учреждение спрашивало, нужно ли платить НДС за медицинские услуги, оказываемые юрлицам? В ответе представители Департамента налоговой и таможенной политики Минфина России ответили, что медицинские услуги, оказываемые медицинскими организациями и (или) учреждениями, врачами, занимающимися частной медицинской практикой, за исключением косметических, ветеринарных и санитарно-эпидемиологических услуг не подлежат налогообложению НДС (подп. 2 п. 2 ст. 149 НК РФ). Условием для отмены НДС является наличие медицинской лицензии на ведение деятельности (п. 6 ст. 149 НК РФ).

Существует также Перечень медицинских услуг по диагностике, профилактике и лечению, оказываемых населению, реализация которых независимо от формы и источника их оплаты не подлежит обложению НДС (постановление Правительства РФ от 20 февраля 2001 г. № 132 "Об утверждении перечня медицинских услуг по диагностике, профилактике и лечению, оказываемых населению, реализация которых независимо от формы и источника их оплаты не подлежит обложению налогом на добавленную стоимость"). В него, в частности, включены услуги по диагностике, профилактике и лечению, непосредственно оказываемые населению в рамках амбулаторно-поликлинической (в том числе доврачебной) медицинской помощи, включая проведение медицинской экспертизы. 

Кроме того, выполнение работ (оказание услуг) по предварительным, периодическим и профилактическим медицинским осмотрам предусмотрено и ведомственными нормативными актами ( п. 7 Требований к организации и выполнению работ (услуг) при оказании первичной медико-санитарной, специализированной (в том числе высокотехнологичной), скорой (в том числе скорой специализированной), паллиативной медицинской помощи, оказании медицинской помощи при санаторно-курортном лечении, при проведении медицинских экспертиз, медицинских осмотров, медицинских освидетельствований и санитарно-противоэпидемических (профилактических) мероприятий в рамках оказания медицинской помощи, при трансплантации (пересадке) органов и (или) тканей, обращении донорской крови и (или) ее компонентов в медицинских целях, утвержденных приказом Минздрава России от 11 марта 2013 г. № 121н "Об утверждении требований к организации и выполнению работ (услуг) при оказании первичной медико-санитарной, специализированной (в том числе высокотехнологичной), скорой (в том числе скорой специализированной), паллиативной медицинской помощи, оказании медицинской помощи при санаторно-курортном лечении, при проведении медицинских экспертиз, медицинских осмотров, медицинских освидетельствований и санитарно-противоэпидемических (профилактических) мероприятий в рамках оказания медицинской помощи, при трансплантации (пересадке) органов и (или) тканей, обращении донорской крови и (или) ее компонентов в медицинских целях").