Налоговики не имеют права игнорировать заявление компании о возмещении НДС, если ранее дали на это согласие

ВС РФ передал на рассмотрение Судебной коллегии по экономическим спорам ВС РФ жалобу компании, которая столкнулась с отказом в возмещении НДС. Сложность ситуации состояла в том, что налоговики вынесли два противоположных  решения: сначала об отказе в возмещении, а потом под угрозой судебного разбирательства – о согласии на возмещение (Определение ВС РФ № 305-КГ16-14941 от 29 декабря 2016 года¹).

Конфликт с налоговиками начался после того, как в 2013 году компания подала в налоговый орган уточненные декларации по НДС за 2010-2012 годы, а также за I квартал 2013 года. Согласно данным документам, возмещению из бюджета подлежало 237 млн руб., а сумма переплаты НДС составляла 4 млн руб.

По результатам проведенных камеральных налоговых проверок инспекцией было принято  решение об отказе в возмещении НДС на основании того, что налогоплательщик нарушил уведомительный характер отказа от освобождения хозяйственных операций от налогообложения НДС (п. 5 ст. 149 Налогового кодекса).

Компания обратилась в суд с просьбой признать данное решение неправомерным. После этого инспекция провела в компании выездную проверку за период с 1 января 2010 года по 18 апреля 2013 года. По ее итогам было принято решение (№ 3/1-Р от 30 июля 2014 года) об отказе в привлечении к налоговой ответственности за совершение налогового правонарушения по факту отсутствия уведомления налоговиков об отказе от льготы по НДС. В данном решении был сделан вывод о возмещении НДС на заявленную компанией сумму в размере 237 млн руб. Кроме того, был доначислен налог на прибыль в сумме 43 млн руб., а также пени в размере 9 млн руб. Данное решение инспекции не обжаловалось и вступило в законную силу. После его принятия компания отказалась от уже поданного иска в суд.

В сентябре 2014 года компания обратилась в инспекцию с заявлением о возмещении НДС в размере 237 млн руб. путем зачета имеющейся задолженности по налогу на прибыль в размере 53 млн руб., а также перечисления на счет компании 184 млн руб. Инспекция оставила данные заявления без ответа. Тогда компания обратилась в вышестоящий орган – управление ФНС России по субъекту РФ. Там срок рассмотрения жалобы был продлен, о чем компания была письменно уведомлена 17 февраля 2015 года.

Затем в сентябре 2015 года управление ФНС России по субъекту РФ вынесло решение (№ 8049) о зачете суммы излишне уплаченного налога, в соответствии с которым был произведен зачет текущей задолженности по ряду налогов. Однако заявки на возврат НДС в сумме 189 млн руб. и зачет налога на сумму 53 млн руб. были возвращены в инспекцию без исполнения.

После чего компания во второй раз обратилась в суд с требованием признать действия налоговиков незаконными. Суд первой инстанции требования компании удовлетворил (решение Арбитражного суда города Москвы от 16 февраля 2016 г. по делу № А40-89628/15-108-710). Апелляция также была на стороне компании (постановление Девятого арбитражного апелляционного суда от 23 мая 2016 г. № 09АП-15606/2016 по делу № А40-89628/15-108-710). Однако в кассации компании в удовлетворении требований было отказано (постановление Арбитражного суда Московского округа от 12 сентября 2016 года по делу № А40-89628/15-108-710). В обоснование суд указал на то, что решение о возмещении НДС после выездной проверки не имеет законной силы и не влечет правовых последствий, так как декларации по НДС проверяются в ходе камеральных проверок (ст. 88, ст. 176 НК РФ).

Далее компания обратилась в ВС РФ со ссылкой на то, что суд в кассационной инстанции существенно нарушил нормы материального и процессуального права. В частности, было отмечено, что камеральная проверка имеет минимальный уровень налогового контроля по сравнению с выездной. Кроме того, решение кассационного суда создает прецедент законной возможности игнорирования налоговыми органами своих решений. И, наконец, компания обратила внимание на то, что суд признал законным решение налоговиков о доначислении налога на прибыль, хотя данный факт стал возможен только после того как налоговый орган согласился с возмещением НДС. Ведь ранее, при использовании льготы по НДС налог относился на затраты по налогу на прибыль (подп. 3 п. 2 ст. 170 НК РФ).

ВС РФ согласился с доводами компании.

Редакция портала ГАРАНТ.РУ следит за ходом этого дела и расскажет об итоговом решении после того, как оно будет вынесено.