Если налогоплательщик при оказании услуги, не подлежащей налогообложению, выставил покупателю счет-фактуру с выделением НДС?

Письмо Федеральной налоговой службы от 25 марта 2016 г. № СД-4-3/5153 “О рассмотрении обращения”

ФНС России сообщает, что реализация услуг в российских аэропортах и воздушном пространстве России по обслуживанию воздушных судов, включая аэронавигационное обслуживание, освобождена от налогообложения НДС.

При совершении таких операций обязанность налогоплательщика в составлении счета-фактуры отсутствует. В случае выставления покупателю счетов-фактур с выделением НДС (в нарушение положений НК РФ), налог должен быть исчислен и уплачен. В свою очередь, налогоплательщик-покупатель оплачивает счета-фактуры и отражает эти суммы в налоговых декларациях в качестве налоговых вычетов.