Постановление Конституционного Суда РФ от 22 июня 2009 г. N 10-П "По делу о проверке конституционности пункта 4 части второй статьи 250, статьи 321.1 Налогового кодекса Российской Федерации и абзаца второго пункта 3 статьи 41 Бюджетного кодекса Российской Федерации в связи с жалобами Российского химико-технологического университета им. Д.И. Менделеева и Московского авиационного института (государственного технического университета)"

Существующий порядок, в соответствии с которым государственные вузы должны исполнять обязанность по уплате налога на прибыль с доходов от сдачи в аренду федерального имущества, не соответствует Конституции РФ.
Как указал КС РФ, налогообложение таких доходов не противоречит конституционным требованиям, поскольку оно по сути используется законодателем для перераспределения доходов между бюджетами (поступающий налог на прибыль распределяется между федеральным бюджетом и бюджетами субъектов РФ). Между тем сам порядок уплаты государственными вузами налога с этих доходов не отвечает критериям ясного, понятного, непротиворечивого порядка уплаты налога. Он не учитывает специфику бюджетно-правового статуса таких учреждений.
Для федеральных бюджетных учреждений образования установлен специальный бюджетно-правовой режим указанных доходов. Эти доходы признаются дополнительным источником их бюджетного финансирования. После поступления указанных средств на единый счет федерального бюджета они отражаются на лицевых счетах учреждений как средства, предназначенные для их содержания. Учреждения не обладают в отношении средств, находящихся на указанном едином счете, какими-либо распорядительными полномочиями. Они не вправе давать поручение на списание с него средств для уплаты налогов. В то же время в силу БК РФ предполагается, что налог с указанных доходов должен быть уплачен до учета средств в составе доходов федерального бюджета.
Таким образом, действующее законодательное регулирование не обеспечивает определенность в порядке самостоятельной уплаты такими учреждениями налога с указанных доходов.
Федеральный законодатель должен урегулировать данный порядок с учетом специфики правового статуса указанных учреждений в срок до 1 марта 2010 г. Вместе с тем, до внесения в законодательство необходимых изменений эти учреждения обязаны платить налог в существующем порядке. При этом нужно учитывать разъяснения, содержащиеся в правовых актах уполномоченных федеральных органов власти.