Письмо Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина РФ от 24 февраля 2009 г. N 03-03-06/1/82

Рассмотрен порядок налогообложения прибыли обособленных подразделений организации при их закрытии.
При закрытии подразделения авансовые платежи за последующие отчетные периоды и налог за текущий налоговый период по его бывшему месту нахождения не уплачиваются. Уточненные налоговые декларации представляются за последний до закрытия отчетный период.
В уточненных декларациях могут быть сняты ежемесячные авансовые платежи в бюджет субъекта Российской Федерации по месту нахождения ликвидированного подразделения, исчисленные на квартал, в котором оно закрылось. Платежи в региональный бюджет по месту нахождения головной организации увеличиваются.
Если обособленное подразделение закрыто в квартале после наступления сроков уплаты ежемесячных авансовых платежей, авансовые платежи снимаются только по не наступившим срокам уплаты. На эти суммы увеличиваются платежи по головной организации (без входящих в нее обособленных подразделений).
Начисление ежемесячных авансовых платежей по наступившим срокам уплаты снимается в налоговой декларации по ликвидированному обособленному подразделению за следующий после его закрытия отчетный (налоговый) период по строке 110 Приложения N 5 к Листу 02 с кодом "3" по реквизиту "Расчет составлен" по закрытым обособленным подразделениям.
Что касается авансовых платежей, излишне уплаченных закрытым подразделением в региональный бюджет, по мнению Минфина России, они могут быть зачтены в счет уплаты налога на прибыль организаций по месту нахождения головной организации в другом субъекте Российской Федерации.